修士論文の執筆 序論(イントロダクション)
修士論文を書くときは、 卒業論文と同様、序論・本論・結論で文章全体を構成します。

量的に多くの分量を書かなければならないのは、おそらく本論部分でしょう。でも、質的に充実させる必要があるのは序論(イントロダクション)部分ではないでしょうか。
参考までに、私が執筆した修士論文全体の構成を以下に示します(実験系の研究分野です)。
目次(図や表の扱い数が多かったため、図や表の目次もつけました)
序論部分
研究の目的
論文全体の構成
本論部分
実施した実験の説明・分析・考察・結果など
研究2の目的
実施した実験の説明・分析・考察・結果など
・
・
・
各研究内容の総括
結論部分
今後の展望
参考文献リスト
付録
研究分野によって、序論・本論・結論部分に記述する項目は異なります。でも、論文全体は 序論・本論・結論 で構成します。

どの部分を書くときが一番大変だった?

量的にたくさん執筆する必要があったのは本論部分です。でも、自分の場合、何度も書き直したのは序論です。序論は沼です!
本論部分では、実際に研究したことそれ自体を記述します。時間はかかりますが、逆に、時間さえかければ、論文の執筆自体は進んでいきます。
でも、序論(イントロダクション)は、頭をかかえている時間が多く、執筆作業自体、なかなか進みませんでした。さらに、序論をなんとか書き終えたとしても、本論を執筆しているうちに序論を書き直さなければならないこともありました。

序論部分を書くのって、そんなに大変なんだ!
序論(イントロダクション)
序論で明確に記述する内容は
・論じるテーマの重要性
・論じる目的
です。
1. 何について論じていくのか、論じるテーマを明確にする
まず、論じるテーマを明確に記述する必要があります。

「何について論じるか!」道しるべが必要ってこと?
何かしらの研究テーマを決めて、そのテーマについて研究したのですから、修士論文を書くときには、まずそれを説明する必要があります。修士論文などの論文を書くときには、読み手に対して「何について論じるか!」という論じるテーマを明確に伝えなければなりません。

読んでいる人に「この論文は〇〇について書いてるんだよ!」って教えてあげるんだね。

そうです!でも、この「論じるテーマを明確に記述すること」を実際にやろうとすると、これが、なかなか難しい…
研究を始めるときに、何かしらの問題意識をもって研究テーマを選んだはずです。その研究テーマをしっかり押さえつつ研究を進めていれば「論じるテーマを明確に記述すること」で躓くことはありません。それを、修士論文の序論部分に書くだけです。
でも、研究テーマをしっかり押さえつつ研究を進めることができたケースは、実際には稀なのではないでしょうか。そのため、論じるテーマを明確に記述できないまま修士論文を書き始めなければならないような状況に陥ります。そのような場合は、論じるテーマが仮の状態でも仕方がありません。とにかく、何かしらの論じるテーマを設定して修士論文を書き始めましょう。

「自分は何を論じようとしているのか」が明確であることに越したことはありません。でも、何かしら書き始めないと先に進むことができませんよね!
ただし、この場合、論じるテーマが仮の状態ですから、序論部分を書き直す可能性が高くなります。そのため、修士論文を書くときにはパラグラフ・ライティングを意識して書くことをお勧めします。

2. 論じるテーマの重要性を訴える
論じるテーマを(一応)記述できたら、次は、そのテーマがいかに重要であるかを訴えていきます。つまり、 「自分が研究したことはすごく重要なことだから、この研究には価値があるんだよ!」と読み手を説得していきます。
そのためには、先行研究を調べる必要があります。たとえば、先行研究を紹介しながら
・でも過去の研究では、〇〇について解明されてないよ!
・過去の研究に対して別の視点から論じるよ!
などを記述します。

「この研究、すごいよ!」アピールだね

「重要な研究だよ!」「価値ある研究だよ!」と訴えるわけです
このようなアピールをするために、先行研究をしっかり調べましょう。先行研究が多く存在しているということは研究テーマに価値があるということです。また、自分の研究と先行研究の違いも明確になります。論じるテーマの重要性を訴えるためには、先行研究をしっかり調べることが大切です。
3. 論じる目的を簡潔にわかりやすく記述する
論じる目的は、なるべく簡潔にわかりやすく記述します。
論文は「思いつくままに綴る文章」ではなく「論じる目的を達成するために記述する文章」です。論じる目的が簡潔にわかりやすく書かれていると、最終的に論じる目的が達成されたことを簡潔にわかりやすく示す書くことができます。
たとえば、以下のように、論じる目的が簡潔にわかりやすく書かれていると
〇〇問題を解決する ⇔ 〇〇問題を解決した
〇〇方法を提案する ⇔ 〇〇方法を提案した
目的に呼応する形で、結論も簡潔にわかりやすく書くことができます。
論じる目的は、論文のゴールです。そのため、ここがあやふやなまま修士論文を書き始めると、論文のゴールに到達したのかどうかよくわからない状態の修士論文になってしまいます。

序論の沼です…

序論書くのって、本当に大変そう…

頭クラクラです。でも、ここがクリアできれば、あとは力技で進んでいけるはずです!
まとめ
修士論文や博士論文などの論文を書くときは、 卒業論文と同様、序論・本論・結論で文章全体を構成します。量的に多く記述する部分はおそらく本論部分となりますが、試行錯誤しつつ、質的にしっかり記述しなければならない部分は序論(イントロダクション)部分です。
序論では
・論じるテーマの重要性
・論じる目的
を明確にします。
序論部分をしっかり記述できれば、本論部分と結論部分は、序論部分に準じる形で書き進めていくことができます。ただし、論じるテーマを明確に記述できないときは、仮の状態でも仕方がありません。提出期限は厳守ですから、本論部分を執筆しながら論じるテーマを明確にしていきましょう。

論じるテーマが曖昧なまま研究を進めてしまった場合、序論の沼から出るのは大変かもしれません。それなりの状態で研究を進めていた自分でさえ、序論部分は何度も書き直すことになりましたから!